Uno degli obiettivi principali di ASM è quello di divulgare nell'opinione pubblica le conoscenze scientifiche più avanzate in materia di prevenzione e cura delle malattie congenite, in modo da determinare una riduzione della loro incidenza. A tal fine ASM ha attivato, dal 1988, il Filo Rosso, un servizio telefonico di consulenza medica gratuita sul rischio riproduttivo e sulla salute in gravidanza offerto da specialisti in ostetricia, genetica e pediatria. Decine di migliaia di donne si sono rivolte in questi anni alle diverse postazioni del Filo Rosso, ottenendone indicazioni e consigli preziosi per tutelare la salute dei loro nascituri.
Oggi il Filo Rosso dispone di quattro strutture: a Milano, presso l'Ospedale San Paolo (tel. 02-89.10.207);
a Roma, nell'Ospedale Fatebenefratelli Isola Tiberina, il lunedi', martedi', mercoledi' e venerdi' dalle 14.00 alle 17.00. Il giovedi' dalle 10.00 alle 13.00, (tel. 06-58.00.897);
a Napoli, presso il Policlinico Universitario Federico II (Tel. 081-54.63.881); a San Giovanni Rotondo, nella "Casa Sollievo della Sofferenza" (tel. 0882-41.62.91), specializzato nelle malattie di origine genetica.
Nella primavera del 2003 l'Associazione ha messo a punto il Decalogo per una maternità serena, un progetto di divulgazione medica coordinato dal Professor Giorgio Pardi, Presidente del Comitato Scientifico di ASM, finalizzato a fornire alle gestanti un compendio chiaro e accessibile delle informazioni necessarie per vivere una gravidanza sicura. Dal febbraio del 2005 ha avuto inizio l'attività del "Professore ASM", una figura di docente finanziata dall'Associazione presso l'Università  degli Studi di Milano con lo scopo di far entrare le patologie congenite nei programmi di studio e di formazione dei futuri medici. Inoltre, ASM pubblica il periodico d'informazione medica e scientifica "Educazione alla Salute" e organizza periodicamente campagne di sensibilizzazione rivolte all'opinione pubblica. Ma l'attività svolta dall'Associazione fa ormai parte della storia della prevenzione: negli anni Ottanta, una ricerca patrocinata da ASM ha portato all'elaborazione di uno degli esami prenatali oggi più diffusi, la villocentesi.

ASM acquista apparecchiature tecnologicamente all'avanguardia, da destinare ad ospedali pubblici, per ecografie ed esami prenatali, al fine di individuare più precocemente e con maggiore precisione le eventuali anomalie presenti nel feto, permettendo così ai medici di intervenire, con le opportune terapie, durante e dopo la gravidanza. L'ultima di tali donazioni, che segue quella di un ecografo tridimensionale a colori, riguarda una sofisticata macchina per il dosaggio degli aminoacidi (aminoacid analyser), grazie alla quale i ricercatori ed i medici contano di elaborare una cura per contrastare il ritardo di crescita del feto, prevenendo così le gravi ricadute che tale patologia, molto frequente, comporta nell'età adulta, come il maggior rischio di sviluppare malattie cardiocircolatorie e diabete. L'Associazione finanzia altresì programmi pluriennali di ricerca mirati a scoprire le cause delle malattie congenite e a identificare terapie adeguate per contrastarle. ASM sostiene il Centro di chirurgia sperimentale del feto, unica struttura di tale genere esistente in Italia e tra le più avanzate in Europa, che si propone di mettere a punto metodiche d'intervento innovative per operare quando il bimbo si trova ancora nel grembo materno: circa la metà dei neonati interessati da un difetto congenito grave potrebbe essere curata prima della nascita.